ВУЗ организован в соответствии с приказом по Главному управлению авиационной промышленности Народного комиссариата тяжёлой промышленности от 11 июля 1932 г. № 368 как Рыбинский авиационный институт, которому приказом Народного комиссара авиационной промышленности СССР от 10 октября 1942 г. № 403 было установлено постоянное местонахождение в г. Уфе с присвоением наименования Уфимский авиационный институт имени Орджоникидзе.

Приказом Министерства науки, высшей школы и технической политики Российской Федерации от 24 декабря 1992 г. № 1133 Уфимский авиационный институт имени Серго Орджоникидзе переименован в Уфимский государственный авиационный технический университет, который 17 февраля 2003 года внесен в Единый государственный реестр юридических лиц как Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Уфимский государственный авиационный технический университет».

Приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 3 мая 2011 г. № 1578 Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Уфимский государственный авиационный технический университет» переименовано в федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Уфимский государственный авиационный технический университет».

Приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 18 марта 2016 г. № 229 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Уфимский государственный авиационный технический университет» переименовано в Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Уфимский государственный авиационный технический университет».