Переименован в Институт нефтехимии и катализа Академии наук Республики Башкортостан (ИНК АН РБ) (Приказ Министерства топлива и энергетики Российской Федерации № 64а от 25 июня 1992 г. Постановление Верховного Совета РБ от 19.10.92 г. «О правовом режиме имущества научных учреждений, входящих в состав АН РБ»). В качестве директора-организатора вновь создаваемого Института был приглашён член-корреспондент РАН У.М. Джемилев (Приказ Президента Академии наук Республики Башкортостан от 30 октября 1992 г. «О назначении и.о. директора Института нефтехимии и катализа с опытным заводом»). В 1997 г., принимая во внимание высокий уровень и актуальность фундаментальных исследований, укомплектованность кадрами высокой квалификации, наличие современного парка приборов и необходимой инфраструктуры, Институт был принят в состав Отделения общей и технической химии РАН и включён в состав УНЦ РАН на правах научно-методического руководства (Постановление Общего собрания Отделения общей и технической химии РАН (ООТХ РАН № 2 от 27.05.1997г «О включении ИНК АН РБ в состав ООТХ РАН на правах научно-методического руководства»; Постановление Президиума УНЦ РАН № 9 от 23.10.98 г. «О включении ИНК АН РБ в Реестр институтов, входящих в состав Уфимского научного центра РАН на правах научно-методического руководства»). Переименован в Институт нефтехимии и катализа Академии наук Республики Башкортостан (ИНК АН РБ) (Приказ Министерства топлива и энергетики Российской Федерации № 64а от 25 июня 1992 г. Постановление Верховного Совета РБ от 19.10.92 г. «О правовом режиме имущества научных учреждений, входящих в состав АН РБ», Приложение 1 к Постановлению № 6-3/199 «Перечень отраслевых институтов и учреждений, расположенных на территории Республики Башкортостан и включаемых в состав Академии наук РБ»).
В декабре 2004 года Постановлением Президиума РАН Институт был включен в состав научных организаций Российской академии наук, в состав Отделения химии и наук о материалах РАН и переименован в Институт нефтехимии и катализа Российской академии наук (ИНК РАН). (Постановление Президиума РАН № 367 от 01.12.2004 года о включении ИНК АН РБ в состав научных организаций Российской академии наук, о переименовании ИНК АН РБ в ИНК РАН, о вхождении ИНК РАН в состав ОХНМ РАН).
Это решение стало возможным благодаря государственной и конструктивной позиции Президента РАН академика Ю.С. Осипова и неоценимой помощи и поддержке вице-президентов РАН академиков Г.А. Месяца, Н.А. Платэ, академика-секретаря Отделения химии и наук о материалах РАН академика В.А. Кабанова.