Сектор был преобразован в Отдел экономических исследований Башкирского филиала АН СССР. В 1992 г. Отдел реорганизован в Институт экономики и социологии УНЦ РАН (постановление Президиума РАН № 102 от 17.03.1992 г.), с 1997 г. – в Институт социально-экономических исследований УНЦ РАН (постановление Президиума РАН № 30 от 18.02.1997 г.), с 2011 г. – Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт социально-экономических исследований Уфимского научного центра Российской академии наук (постановление Президиума РАН №262 от 13.12.2011 г.).
Структура и численность. В Институте работает 59 человек, в том числе 45 научных сотрудников, из них: член-корр. РАН – 1, докторов наук – 11, кандидатов наук – 24. Средний возраст научных сотрудников Института – 42,4 года.
Структуру Института формируют 5 секторов:
— сектор экономики и управления развитием территорий;
— сектор региональных финансов и бюджетно-налоговой политики;
— сектор экономико-математического моделирования;
— сектор экономической безопасности;
— сектор социально-политических исследований.
Институт проводит междисциплинарные социоэкономические исследования в рамках интегрирующей идеи «Устойчивое социально-экономическое развитие территорий в условиях постиндустриального развития». Комплексность решения территориальных проблем обеспечивается за счет взаимодополнения и рационального сочетания в пространственно-временном, стадиальном и институциональном разрезах, а также их системной увязкой с механизмами управления и оценкой результативности на базе использования современных экономико-математических методов.
В числе приоритетных направлений исследований Института в рамках направлений, утвержденных Правительством Российской Федерации (распоряжение №2237-р от 03.12.2012 г.) в области общественных наук:
83. Разработка математического и эконометрического инструментария, а также теоретических и методологических основ анализа, моделирования и прогноза качества и образа жизни населения: макро- и региональный аспект.
86. Развитие методологии макроэкономических измерений.
87. Разработка стратегии трансформации социально-экономического пространства и территориального развития России.

Прикладная деятельность Института направлена на внедрение результатов фундаментальных исследований в рамках научно-методического обеспечения процессов регионального управления, решения актуальных для регионов Российской Федерации социально-экономических проблем по следующим основным направлениям:
1. Развитие устойчивой системы стратегического партнерства с органами государственной и муниципальной власти Республики Башкортостан как субъекта Российской Федерации по научно-методическому обеспечению процессов управления развитием разноуровневых территориальных образований.
2. Формирование и реализация полного инновационного цикла в научной и прикладной деятельности через эффективный трансфер результатов научных исследований основным потребителям научной продукции – технопаркам, министерствам и ведомствам Республики Башкортостан.
Институт в качестве координатора и головного исполнителя участвует в разработке масштабных программных документов развития территориальных систем регионального и субрегионального уровня, в частности программ развития Башкирского Зауралья на 2011–2015 годы, северо-восточных районов республики на 2011–2015 годы, Комплексной программы социально-экономического развития городского округа город Уфа Республики Башкортостан на 2011–2015 годы, Инвестиционная стратегия городского округа город Уфа Республики Башкортостан на 2013–2018 годы, Концепция Стратегического плана экономического развития городского округа город Уфа Республики Башкортостан до 2030 года и др. По результатам этих материалов приняты постановления Правительства Республики Башкортостан, Городского совета г. Уфы.
Всего в порядке реализации основных результатов исследований за последние 5 лет в органы государственной власти и управления и другие заинтересованные организации и ведомства Институтом направлено более 130 научных материалов.
В рамках взаимодействия и интеграции академической и вузовской наук в Институте функционируют: научно-образовательные центры «Региональная экономика», «Инфокоммуникационные технологии в социально-экономической сфере» (совместно с УГАТУ), «Центр изучения социальных проблем инновационного развития» (совместно с БГУ), научно-образовательная площадка «Экспериментальная экономика».
Институт поддерживает научные контакты с профильными академическими институтами, в том числе зарубежными, с российскими и зарубежными университетами: Словацким политехническим университетом (Словакия, Институтом экономических исследований Словацкой Академии наук, Немецким институтом экономических исследований (ФРГ), Центром славянских исследований Хоккайдского университета (Япония), Казахским государственным университетом (Казахстан) и др.
С рядом из них Институтом заключены договора о научном сотрудничестве, которые включают:
— проведение совместных научных исследований по приоритетным направлениям фундаментальных исследований Отделения общественных наук РАН;
— оказание взаимной помощи в повышении научной квалификации ученых и специалистов;
— организацию проведения совместных научных и научно-практических конференций, семинаров, симпозиумов, круглых столов и иных форм научного обмена и сотрудничества;
— проведение научных исследований по договорам с органами государственной власти и местного самоуправления, хозяйствующими субъектами по актуальным экономическим и иным вопросам в соответствии с основным профилем деятельности;
— организацию совместной подготовки и выпуска научной, справочной, методической, учебной и монографической литературы, информационных, аналитических и других материалов по согласованной тематике и др.

Подготовка научных кадров высшей квалификации осуществляется через аспирантуру по специальностям:
08.00.05 – Экономика и управление народным хозяйством;
08.00.13 – Математические и инструментальные методы экономики;
22.00.05 – Социология управления.
Труды ученых Института отмечены высокими наградами – правительственными и научной общественности. Коллектив Института награжден Почетной грамотой Российской академии наук, Грамотой Министерства науки и технологий Российской Федерации, Почетной грамотой Правительства Республики Башкортостан, Почетной грамотой Министерства финансов Республики Башкортостан, Почетной грамотой Государственного комитета Республики Башкортостан по предпринимательству и туризму, Благодарственным письмом Администрации городского округа город Уфа Республики Башкортостан, Почетной грамотой Уфимского Городского Совета.