Является структурным звеном Российской академии наук, расположенным на территории Республики Башкортостан и единственным в Республики академическим институтом, работающим над фундаментальными проблемами физики. Предшественником ИФМК по праву считается Уфимский физический институт. Реальная история ИФМК УНЦ РАН началась в 1971 году с образования Отдела физики и математики Башкирского филиала АН СССР, позднее разделившегося на Институт математики и Отдел физики. Постановлением Президиума Российской академии наук от 14 июня 1994 г. Отдел физики Уфимского научного центра РАН был переименован в Институт физики молекул и кристаллов РАН.

Основные направления деятельности Института включают:

- в области физики конденсированных сред: неравновесные структурные превращения в средах с пространственно-временной дисперсией, в частности в жидких кристаллах; физические свойства органических полупроводников, магнитных и других наноматериалов, в том числе в условиях воздействия внешних полей;

-в области химической физики, физики низкотемпературной плазмы и оптики: процессы образования и распада многоатомных отрицательных, положительных ионов и нейтральных частиц в электронно-молекулярных, межмолекулярных взаимодействиях и под воздействием электромагнитного излучения; исследование электронного строения молекул биологически активных соединений, биополимеров и фуллеренов на основе комплекса теоретических и экспериментальных методов, включая масс-спектрометрию отрицательных ионов и микроволновую спектроскопию сверхвысокого разрешения.

Аспирантура Института осуществляет квалификационную подготовку по специальностям 01.04.07 - «физика конденсированного состояния» и 01.04.17 - «химическая физика, горение и взрыв, физика экстремальных состояний вещества». Работает также специализированный совет по защитам докторских и кандидатских диссертаций по специальностям 01.04.07 и 01.04.17.

На базе ИФМК УНЦ РАН образован научно-образовательный центр "Физика молекулярных систем", возникший изначально в 1999 году в виде межвузовской кафедры "Экспериментальная и теоретическая физика". Здесь обучаются группы студентов старших курсов пяти вузов Башкортостана, собирающиеся посвятить свое будущее фундаментальным и прикладным исследованиям в области физики.