Университет был основан в октябре 1948 года на базе филиала Московского нефтяного института имени И.М. Губкина. Его стремительное развитие, строительство новых корпусов и открытие новых специальностей было обусловлено ростом нефтедобывающей промышленности на западе Башкирии и в Татарии. К середине шестидесятых годов Уфимский нефтяной превратился в разветвленную образовательную структуру, обеспечивавшую квалифицированными кадрами нефтедобычу и нефтепереработку Урало-Поволжского региона. С возникновением нового нефтедобывающего района - Западносибирского - в Уфимском нефтяном институте резко выросло число обучающихся. К началу восьмидесятых годов XX века вуз окончательно сформировался как учебно-научный комплекс всесоюзного ранга, приобретая черты технического университета. В 1994 году вуз официально получил статус университета. В 2016 году после присоединения Уфимского государственного университета экономики и сервиса к УГНТУ университет получил статус опорного вуза России, а затем – опорного вуза ПАО «Газпром». За эти годы УГНТУ подготовлено более 100000 высококвалифицированных специалистов для всех отраслей топливно-энергетического, нефтегазодобывающего и строительного комплекса России. Вуз успешно интегрирован в систему международного высшего образования и с 1996 года является полноправным членом Международной ассоциации университетов (МАУ). В стенах университета проходят обучение представители 51 субъекта Российской Федерации и граждане 67 государств ближнего и дальнего зарубежья (Казахстан, Куба, Вьетнам, Китай, Таджикистан и т.д.). Это слушатели курсов русского языка, стажеры, студенты (инженеры, бакалавры, магистранты), аспиранты и докторанты. В настоящее время Уфимский нефтяной занимает 17 место в России по числу обучающихся иностранных студентов, а их сегодня в университете почти 1300 человек, что составляет порядка 7% от общего количества контингента обучающихся. В вузе ведется активная работа по развитию международной деятельности, расширяются сферы международного сотрудничества в области научно-технических разработок, ведется активный обмен студентами и преподавателями в рамках программы академической мобильности, а также реализуется большой спектр программ профессиональной подготовки и переподготовки для иностранных специалистов. Сегодня ректор УГНТУ – сопредседатель Ассоциации университетов Россия – Азербайджан, ведет большую работу по развитию дружеских и партнерских связей, обмену опытом в научных изысканиях и внедрению современных технологий в сфере образования.

Сегодня в состав университета входят 7 факультетов, 3 института, центр довузовского образования, магистратура, аспирантура и докторантура (работает 7 диссертационных советов), институт дополнительного профессионального образования, инжиниринговый центр и молодежный технопарк. Уфимский нефтяной сегодня представлен тремя филиалами в городах Октябрьский, Салават и Стерлитамак.

По всему спектру специальностей обучаются около 20 тыс. студентов, а их подготовку ведет высококвалифицированный состав профессорско-преподавательских кадров по всем дисциплинам образовательных программ: около 1300 штатных преподавателей, среди них более 200 докторов наук, профессоров и более 700 кандидатов наук, доцентов.

Пристальное внимание уделяется развитию науки. По объему научных исследований УГНТУ имеет самые высокие показатели в Приволжском Федеральном округе. Активно развиваются научные школы, несомненной гордостью которых являются имена известных ученых, среди них – действительные члены и члены-корреспонденты Академии наук РФ и РБ, заслуженные деятели образования, науки, техники, строительства и архитектуры.

По результатам мониторинга Национального исследовательского университета «Высшая школа экономики» УГНТУ вошел в топ 100 вузов России, заняв в общем рейтинге 69 место, в рейтинге технических вузов УГНТУ занимает 15 место среди 50 лидирующих вузов России.

В УГНТУ сложилась и успешно функционирует система трудоустройства выпускников. С 1998 года в УГНТУ подписаны прямые договоры и соглашения о сотрудничестве в области образовательных услуг и научных исследований с иностранными вузами, научными центрами и нефтяными компаниями. В целом, спрос на молодых специалистов УГНТУ превышает предложение, регулярно заключаются договоры, предусматривающие целевую подготовку и переподготовку специалистов с крупнейшими предприятиями и организациями ТЭК, такими как ЛУКОЙЛ, Татнефть, Газпромнефть, Сибур, ТНК-ВР, Halliburton, Schlumberger, Baker Hughes и др. Особое внимание уделяется программам, реализуемым совместно с государственными компаниями «Роснефть», «Газпром», «Транснефть».

Неотъемлемой составной частью и основой развития вуза является его материальная база. По сути, история института и университета – это и история строительства, расширения учебных и бытовых площадей, постоянного обновления учебно-лабораторного и научно-исследовательского оборудования. Начальный пункт этого грандиозного марафона – два небольших ветхих здания, приспособленные под учебные занятия в 1948 году, в настоящее время университет располагает, помимо трех филиалов УГНТУ в регионах Башкортостана, тремя компактно спланированными учебно-бытовыми комплексами со всеми службами общей площадью около 195 тыс.м2. К услугам студентов, преподавателей и сотрудников – санаторий-профилакторий, студенческая поликлиника с полным набором современных врачебных кабинетов, культурно-бытовой комплекс, семейное общежитие, спортивно-оздоровительный лагерь, спортивный комплекс с самым современным инвентарем и оборудованием, три столовые, а также Дворец молодежи, где студенты имеют возможность заниматься творчеством и развивать свои таланты. Высокий уровень танцевальных и театральных коллективов университета регулярно подтверждается призовыми местами в республиканских и российских конкурсах.

Таким образом, свой 70-летний юбилейный год университет встречает сильным, хорошо оснащенным и адаптированным к современным условиям вузом, обеспечивающим подготовку специалистов широкого спектра знаний.